c'est en septembre 1999 qu'interviennent les modifications qui vont lui changer radicalement l'avant. Les anciens projecteurs rectangulaires qui rappelaient ceux de l'AX sont abandonnés au profit de nouveaux en forme d'amande, que l'on redécouvrira quelques mois plus tard avec une dimension différente sur la Xsara phase 2. Le capot intègre désormais deux nervures longitudinales ainsi qu'une nouvelle calandre. Les ailes sont modifiées pour aller avec le nouveau capot et les nouveaux phares. La partie inférieure des feux arrière adopte un rouge plus clair. Puis 2002 voit l'apparition de celle qui sonnera le glas de la Saxo : la C3.

La version diesel est un moteur de 1,5 litre de 58 ch qui consomme peu pour l'époque 5 l/100 km en moyenne. Une version de base essence 1.0 de 50 ch jusqu'en 2000 est aussi au catalogue. Très dépouillée (moquette, allume cigare, vitres teintées et vitres arrière entrouvrables sur 3 portes), elle est moins homogène que les autres modèles de la gamme équipés des moteurs 1.1, 1.4 et 1.6. En juin 2003 la fabrication de la Saxo est arrêtée et la voiture sera vendue jusqu'à épuisement des stocks.

La version sportive (VTS 16S) développe une puissance de 120 ch. Il existe plus exactement une finition typée sportive nommée VTS, cette version étant disponible en 3 motorisations essence :

• 1.4 8 soupapes de 75 ch
• 1.6 8 soupapes de 90 ch passé à 100 ch à partir du 1^er janvier 2001
• 1.6 16 soupapes de 120 ch.
• Et une motorisation diesel réservée au marché belge
• 1.5 d 58 ch

La 1.1i existe, en option (1 500 €), en motorisation bicarburation Essence+GPL. Quant à la transmission automatique, elle fut proposée en option d'abord sur les versions VSX 1.6 8 soupapes puis en option sur les versions 1.4.