Les modifications à l'Evolution VI sont surtout d'ordre aérodynamique. Le refroidissement du moteur est aussi amélioré et ce dernier subit des modifications pour optimiser sa réponse et sa fiabilité ; la puissance ne bouge toujours pas. La structure est rigidifiée. On la distingue de l'Evo V uniquement au niveau du pare-chocs avant et de l'aileron arrière.

L'Evolution VI se décline en trois versions :

• GSR : est une version moins sportive que les deux autres (mieux équipée, sellerie en tissu de meilleure qualité, moins bruyante, pourvue de l'ABS).
• RS2 : est la version intermédiaire. C'est une RS équipée en plus de la climatisation et des vitres électriques. Le ratio final de la boîte de vitesses est aussi plus long. Selon les pays, elle est livrée avec ou sans sièges baquets (comme la RS). Elle est vendue avec le capot en alu, le toit en alu et ainsi que les ailes en alu.
• RS : C'est à la base d'une voiture de course mais homologuée pour la route. Elle est pourvue de sièges baquets, d'ABS, de verrouillage centralisé et dispose d'une boîte 5 vitesses au ratio final plus court que les deux autres versions (240 km/h en vitesse de pointe). Elle est vendue uniquement avec des jantes en acier.
• Extreme : La version ultime de l'Evo VI créer par Ralliart en Angleterre, lancée au London Motor Show le 27 octobre, 50 Evo VI Extreme ont été produites. Elle développe 350 ch, pèse 1285 kg et réalise le 0-100 km/h en 4 secondes, sa vitesse de pointe est de 250 km/h.

En 2000 est apparue la version Tommi Mäkinen Edition (parfois appelée Evo 6.5). Esthétiquement, elle se différencie de l'Evolution VI standard par son pare-choc avant, une sellerie noire et rouge et des appliques en alu. Cette version est aussi équipée d'un turbo spécifique.

Dicté par des considérations de marketing (la Lancer n'était plus commercialisée en Europe, où elle était remplacée par la Carisma, produite à Born (Pays-Bas)aux côtes de la Volvo S40) et en accord avec la FIA (Fédération Internationale Automobile), une version sœur de l'Evo 5 sera engagée en WRC sous la dénomination Carisma GT. Les pilotes officiels de Mitsubishi Ralliart à l'époque, Tommi Mäkinen et Freddy Loix, disposaient respectivement de la Lancer Evo 5 et de la Carisma GT. Une série limitée en nombre a ainsi été commercialisée comme Mitsubishi Carisma Evolution VI "Black Diamond".